Kolonoskopiya  uşaqlarda bağırsaqdan kənar sıxılmalar, bağırsaq divarına aid anormallıqlar və bağırsaq boşluğundakı patologiyalar haqqında məlumat verir, diaqnoz qoymaqda kömək olur, hər hansı bir polip və kütlələrdən biopsiya almaq, poliplərin çıxarılmasında kömək olur. Müxtəlif şikayətlərin aydınlaşdırılması zamanı bağırsaqların müayinəsi vacibdir.

Kolonoskopiya  uşaqlarda qarın ağrısı, ishal, qəbizlik halları çox olarsa, defekasiya aktının istənilən növ pozulması, naməlum səbəbli arıqlama, habelə rentgen görüntülərində diaqnozu çətin olan xəstəliklərin aydınlaşdırılması üçün təyin edilir.